Пени начисляются в соответствии со статьей 25 закона от 24 июля 2009 г. № 212-ФЗ "О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования". Там в пункте 3 указано, что пени начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате страховых взносов начиная со дня, следующего за установленным настоящим Федеральным законом сроком уплаты сумм страховых взносов, и по день их уплаты (взыскания) включительно.
Думаю, что с точки зрения ФСС просрочка она и есть просрочка, независимо от вида деятельности. И считаться она будет исходя из размера задолженности и ее срока.