На основании пункта 1 статьи 78 Налогового кодекса зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам.
Поскольку согласно пункту 1 статьи 13 и пункту 1 статьи 14 Налогового кодекса НДС является федеральным налогом, а налог на имущество организаций — региональным, сумма излишне уплаченного налогоплательщиком НДС не может быть зачтена в счет погашения недоимки по налогу на имущество организаций. Отметим, что на основании пункта 6 статьи 78 Налогового кодекса налогоплательщик вправе подать вналоговый орган заявление о возврате излишне уплаченной суммы НДС (письмо Минфина России от 30 декабря 2011 г. № 03-07-11/362).