Не нормируемый рабочий день

Казенное учреждение, согласно Постановления Правительства Карачаево-Черкесской Республики № 257 от 11.08.2010 разработало Положение об оплате труда работников, внесло пункт в Коллективный договор, есть Перечень должностей с не нормируемым рабочим днем. На основании всех этих нормативных документов руководитель своим приказом установил надбавку в размере 25 % оклада некоторым работникам и предоставляет несколько дополнительных дней к отпуску.
Так вот идет проверка Контрольно-счетной палаты КЧР и инспектор указывает в акте что необоснованная выплата и не должны быть дополнительные дни к отпуску. Как же так ведь вроде все по закону? И как доказать обратное не можем?