Средний заработок за время командировки

Бюджетное учреждение получает субсидии из бюджета на выполнение гос.задания и ведет предпринимательскую деятельность.

При направлении в командировку сотрудника за счет предпринимательской деятельности, за время нахождения в командировке ему начисляется средний заработок. Ранее в течении 11 меяцев сотрудник получал заработную плату за счет субсидии на выполнение гос. задания (имел бюджетный оклад), а сейчас выполняет работу по предпринимательской деятельности (КФО 2), при этом в расчет среднего включается заработок за счет субсидий (КФО 4). Не является ли нарушением или даже нецелевым использованием субсидий -  выплата такого среднего  заработка сотруднику, и возможно ли учитывать весь средний заработок за период командировки по предпринимательской деятельности в затратах  именно по предпринимательской деятельности?