Возврат автономным учреждением остатка субсидии на иные цели прошлых лет

Контрольным управлением (орган исполнительной власти субъекта РФ) проведено контрольное мероприятие в отношении автономного учреждения на предмет целевого использования бюджетных средств (субсидия на иные цели), в ходе которого было выявлено превышение расходов по текущему ремонту, а именно завышение нормативных затрат в локально-сметном расчете. По результатам проверки данное нарушение выразилось в использовании бюджетных средств не по целевому назначению. Учреждением данное нарушение было принято. После направления контрольным управлением решения Учреждение направило контрагенту требование о возврате части средств по исполненному договору, в связи с завышением затрат. Контрагентом согласился с данным требованием и вернул денежные средства (на лицевой счет). Учреждением были получены денежные средства и отражены как восстановление остатков субсидии прошлого года, после возвращены учредителю в доход бюджета как возврат остатка субсидии прошлых лет (218) в соответствии с условиями соглашения. При этом Контрольное управление не согласно с данными действиями, так как считает, что администратором доходов должен быть контрольный орган и учесть данный доход как санкцию (116).
Как быть в данной ситуации?