Стандартные вычеты ему нужно представлять только с ноября 2016 года. Он должен написать заявление на предоставление вычета и приложить копии документов на вычет: копии свидетельства о рождении детей. Если в трудовой стажа в 2016 году нет, то и 2-НДФЛ не требуете.
Если работник написал заявление о предоставлении вычета в двойном размере по причине отказа второго родителя от получения вычета - заявление второго родителя об отказе от получения вычета и ежемесячно справку 2-НДФЛ с его места работы.
Если работник написал заявление о предоставлении вычета в двойном размере как единственному родителю - документ, подтверждающий этот статус единственного.