Минфин России в письме от 23 ноября 2011 г. № 03-07-11/324 разъяснил порядок применения НДС в отношении субсидий, получаемых государственным автономным учреждением из соответствующего бюджета бюджетной системы РФ.
Согласно пункту 1 статьи 146 Налогового кодекса облагаются НДС операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации независимо от источника финансирования.
Осуществляемые автономным учреждением операции по реализации товаров (работ, услуг), оплачиваемые за счет субсидий, получаемых из соответствующего бюджета бюджетной системы РФ, облагаются НДС в общеустановленном порядке. Пунктом 2 статьи 146 и статьей 149 Налогового кодекса установлены перечни операций, не являющихся объектом обложения НДС и освобождаемых от обложения данным налогом.
На основании пункта 1 статьи 2 Закона от 18 июля 2011 г. № 239- ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения автономных учреждений», вступившего в силу с 1 января 2012года, выполнение работ (оказание услуг) автономными учреждениями в рамках государственного (муниципального) задания, источником финансового обеспечения которого является субсидия из соответствующего бюджета бюджетной системы РФ, не признается объектом обложения НДС.