Федеральное агентство водных ресурсов в письме от 5 апреля 2012 г. № МТ-03-26/1435 разъяснило порядок начисления пеней за несвоевременное внесение платы за пользование водными объектами. В нем указано, что пени начисляются на сумму недоимки исходя из размера платы, установленного договором водопользования. При этом в расчет включается каждый календарный день просрочки исполнения водопользователем обязательства по внесению платы за пользование водными объектами, начиная со следующего за определенным в договоре водопользования днем внесения платы по день ее фактической уплаты включительно. Рекомендовано до погашения водопользователем недоимки осуществлять начисление пеней ежемесячно в последний рабочий день месяца.
Днем уплаты пеней считается дата их зачисления в бюджетную систему на счет 40101 соответствующего территориального органа Федерального казначейства.
Последующий перерасчет платы за пользование водными объектами в случае заключения дополнительного соглашения к договору водопользования не влияет на размер и порядок уплаты пеней, начисленных до даты регистрации указанного соглашения.