ФНС России в письме от 21 апреля 2014 г. № ГД-4-3/7601 разъяснила порядок исчисления налога на добавленную стоимость при выполнении работ бюджетными учреждениями.
Согласно подпункту 1 пункта 1 статьи 146 Налогового кодекса объектом налогообложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации. При этом пунктом 2 данной статьи Налогового кодекса определен перечень операций, не признаваемых объектами налогообложения НДС.
Так, в соответствии с подпунктом 4.1 пункта 2 статьи 146 Налогового кодекса не признаются объектом налогообложения НДС выполнение работ (оказание услуг) бюджетными учреждениями в рамках государственного (муниципального) задания, источником финансового обеспечения которого является субсидия из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации.
Выполнение бюджетными учреждениями работ, не включенных в государственное (муниципальное) задание, вышеуказанным перечнем не предусмотрено. В связи с этим данные работы облагаются НДС в общеустановленном порядке независимо от источника финансирования.