Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе (п. 7 ст. 226 НК РФ). Согласно статье 75 Кодекса пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога или сбора, начиная со следующего за установленным законодательством о налогах и сборах дня уплаты налога или сбора. Уплата налога на доходы физических лиц по месту учета филиала не приводит к образованию просрочки исполнения обязанности.
Следует учитывать, что к каждому налогу устанавливается конкретный порядок уплаты налога (п. 5 ст. 58 НК РФ). При рассмотрении вопроса о привлечении налогового агента к ответственности, предусмотренной статьей 123 Налогового кодекса, в случае уплаты налога не по месту нахождения обособленных подразделений, Минфин России рекомендует руководствоваться судебной практикой, изложенной в постановлении ВАС РФ от 24 марта 2009 г. № 14519/08 (письмо Минфина России от 10 октября 2014 г. № 03-04-06/51010).