Минфин России в письме от 17 ноября 2016 г. № 03-07-08/67622 рассмотрел вопрос о применении вычета НДС, уплаченного налоговыми агентами. В соответствии с пунктом 1.1 статьи 172 Налогового кодекса налоговые вычеты, предусмотренные пунктом 2 статьи 171, могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории Российской Федерации товаров (работ, услуг) или товаров, ввезенных им на территорию Российской Федерации.
Что касается иных вычетов НДС, в том числе налога, уплаченного в качестве налогового агента в соответствии с пунктом 4 статьи 173 Налогового кодекса, право заявлять их в течение трех лет не установлено.