Если субсидии из федерального бюджета предоставляются налогоплательщику в целях возмещения недополученных доходов в связи с предоставлением им отдельным покупателям скидки на реализуемые товары (работы, услуги) с учетом НДС, то их суммы включаются в базу по этому налогу. При этом суммы НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет таких субсидий, подлежат вычету в порядке и на условиях, установленных статьями 171 и 172 Налогового кодекса.
При реализации товаров (работ, услуг) с учетом субсидий, предоставляемых бюджетами бюджетной системы в связи с применением налогоплательщиком государственных регулируемых цен, или с учетом льгот, предоставляемых отдельным потребителям в соответствии с законодательством, налоговая база по НДС определяется как стоимость реализованных товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из фактических цен их реализации. Суммы указанных субсидий при определении налоговой базы по НДС не учитываются (п. 2 ст. 154 НК РФ) (письмо Минфина России от 7 декабря 2018 г. № 03-07-11/88882).