Согласно правилам осуществления Федеральным казначейством полномочий по контролю в финансово-бюджетной сфере, утвержденным постановлением Правительства России от 28 ноября 2013 г. № 1092 (далее — Правила), плановые контрольные мероприятия осуществляются в соответствии с утвержденным расписанием. Внеплановые контрольные мероприятия осуществляются на основании решения руководителя (заместителя руководителя) Федерального казначейства (его территориального органа), принятого в случаях, установленных пунктом 5 Правил.
Периодичность проведения плановых контрольных мероприятий в отношении одного объекта контроля и одной темы контрольного мероприятия составляет не более одного раза в год, при формировании плана контрольных мероприятий Федеральное казначейство (его территориальный орган) в целях исключения дублирования деятельности по контролю учитывает поступившую от других государственных органов информацию о планируемых идентичных контрольных мероприятиях.
Прямого запрета на проведение повторной проверки деятельности учреждения в случае, когда она была проверена тем же казначейством, по тем же вопросам и за тот же период, Правила не содержат.