В результате продажи недвижимого имущества, закрепленного на праве оперативного управления за федеральным бюджетным учреждением, возникают доходы федерального бюджета с обязательным зачислением средств от продажи имущества в доход федерального бюджета. При этом отражение операций по выбытию указанного имущества у учреждения не порождает финансового результата и осуществляется посредством признания обязательства по перечислению денежных средств в доход бюджета (кредит счета 0 303 05 000 «Расчеты по прочим платежам в бюджеты»).
Минфин России в письме от 8 августа 2024 г. № 03-03-06/3/74339 отметил, что в случае превышения доходов от реализации недвижимого имущества над стоимостью этого имущества у бюджетного учреждения возникает обязательство по уплате налога на прибыль.
Также операции с имуществом, осуществляемые в рамках договора купли-продажи на возмездной основе, подлежат налогообложению НДС.