6-НДФЛ заполняется по каждому подразделению
Налоговые агенты, начиная с отчетного периода первого квартала 2016 года, обязаны ежеквартально представлять в налоговые органы по месту своего учета расчет по форме 6-НДФЛ. Отчетность нужно заполнять на отчетную дату, соответственно, на 31 марта, 30 июня, 30 сентября, 31 декабря соответствующего налогового периода.
Организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет по форме 6-НДФЛ в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений. При этом Налоговый кодекс РФ не содержит норм, предоставляющих налоговым агентам, имеющим обособленные подразделения, самостоятельно выбирать обособленное подразделение, через которое производилось бы перечисление налога и, соответственно, представление данного расчета.
Таким образом, расчет по форме 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом отдельно по каждому обособленному подразделению независимо от того, что состоят данные обособленные подразделения на учете в одном налоговом органе (письмо ФНС России от 28 декабря 2015 г. № БС-4-11/23129@).