Бюджетные учреждения должны платить налог на прибыль
Налогоплательщики - бюджетные учреждения обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования и за счет иных источников.
В целях налогообложения прибыли иными источниками - доходами от коммерческой деятельности - признаются доходы бюджетных учреждений, получаемые от юридических и физических лиц по операциям реализации товаров, работ, услуг, имущественных прав, и внереализационные доходы.
Таким образом, бюджетное учреждение с суммы полученной прибыли от оказания платных услуг исчисляет и уплачивает налог в общеустановленном порядке. (Письмо УФНС России по г. Москве от 20 мая 2008 г. № 20-12/048090).