Минфин России в письме от 11 марта 2012 г. № 03-07-11/66 привел разъяснения по вопросу применения налога на добавленную стоимость при оказании автономным учреждением услуг по предоставлению в аренду имущества субъекта Российской Федерации, закрепленного за данным учреждением на праве оперативного управления.
Ведомство считает, что особенности уплаты налога на добавленную стоимость при оказании указанных услуг главой 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса не установлены. В связи с этим при оказании автономным учреждением услуг по предоставлению в аренду имущества субъекта Российской Федерации, закрепленного за данным учреждением на праве оперативного управления, исчисление и уплату в бюджет налога на добавленную стоимость должен осуществлять арендодатель имущества — автономное учреждение.