Пунктом 3 статьи 161 Бюджетного кодекса предусмотрено, что казенное учреждение может осуществлять приносящую доходы деятельность, только если такое право предусмотрено в его учредительном документе.
Подпунктом «а» пункта 5 статьи 13 Закона от 8 мая 2010 г. № 83-ФЗ (далее — Закон № 83-ФЗ) в статью 41 Бюджетного кодекса внесены изменения, согласно которым доходы от платных услуг, оказываемых казенными учреждениями, относятся к неналоговым доходам соответствующих уровней бюджетной системы, то есть зачисляются в эти бюджеты в полном объеме без уплаты налогов и сборов. При этом согласно пунктам 7 и 8 статьи 33 Закона № 83-ФЗ вышеуказанные изменения (в части зачисления доходов от оказания федеральными казенными учреждениями, казенными учреждениями субъекта Российской Федерации или муниципальными казенными учреждениями платных услуг и осуществления иной приносящей доход деятельности в федеральный бюджет, бюджет субъекта Российской Федерации или местный бюджет) применяются с 1 января 2012 года.
Законом от 18 июля 2011 г. № 239-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в отдельные законодательные акты Российской Федерации всвязи с совершенствованием правового положения автономных учреждений» пункт 2 статьи 146 Налогового кодекса дополнен подпунктом 4.1, согласно которому выполнение работ (оказание услуг) казенными учреждениями не является объектом налогообложения по НДС. Данная поправка вступает в силу с 1 января 2012 года.
Таким образом, операции по выполнению работ (оказанию услуг) казенными учреждениями с 1 января 2012 года не облагаются НДС.
В связи с тем, что выполнение работ (оказание услуг) казенными учреждениями с 1 января 2012 года не облагается НДС, положения пункта 3 статьи 161 Налогового кодекса также не применяются с вышеуказанной даты в отношении операций по оказанию услуг казенными учреждениями по предоставлению на территории Российской Федерации в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества (письмо ФНС России от 10 ноября 2011 г. № ЕД-4-3/18836).