С 1 января 2009 года суммы НДС, принятые покупателем к вычету при оплате (частичной оплате) в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг), подлежат восстановлению в том налоговом периоде, в котором суммы налога по приобретенным товарам (работам, услугам) подлежат вычету в порядке, установленном Налоговым кодексом (подп. 3 п. 3 ст. 171 НК РФ).
Если условиями договора предусмотрена поставка товаров отдельными партиями после перечисления предоплаты, восстановление сумм НДС, принятых покупателем к вычету по перечисленной 100-процентной предоплате, следует производить в размере, соответствующем налогу, указанному в счетах-фактурах на приобретенный товар (письмо Минфина России от 28 января 2009 г. № 03-07-11/20).